Naloge sveta zavoda so opredeljen v 48. členu Zakona o organizaciji in financiranju vzgoje in izobraževanja. Svet je organ upravljanja Zavoda, ki šteje 11 članov, in sicer: 3 predstavniki ustanoviteljice, 3 predstavniki staršev in 5 predstavnikov delavcev (4 z matične šole in 1 s podružnice). Predsednica sveta zavoda je Suzana Filipčić, podpredsednica pa Lucija Kotnik.
Svet zavoda imenuje in razrešuje ravnatelja šole, sprejema program razvoja šole, letni delovni načrt in poročilo o njegovi uresničitvi, sprejme letno poročilo o samoevalvaciji šole, odloča o uvedbi nadstandardnih in drugih programov, obravnava poročila o vzgojni oziroma izobraževalni problematiki, odloča o pritožbah v zvezi s statusom učenca kot drugostopenjski organ, če z zakonom ni določeno drugače, o pritožbah v zvezi s pravicami, obveznostmi in odgovornostmi delavcev iz delovnega razmerja, obravnava zadeve, ki mu jih predloži učiteljski zbor, šolska inšpekcija, reprezentativni sindikat zaposlenih, svet staršev, skupnost učencev in opravlja druge naloge, določene z zakonom in aktom o ustanovitvi.
Člani sveta zavoda za mandatno obdobje maj 2021 – maj 2025 so:
| Predstavniki zaposlenih | SUZANA FILIPČIČ |
| PETER KAVČIČ | |
| ROMANA PEČNIK | |
| SAŠA PUNTAR | |
| EVA BELE | |
| Predstavniki ustanovitelja | PETRA SLATINŠEK |
| JOŽEFA IVEZIĆ | |
| FRANJO CVIKL | |
| Predstavniki staršev | ELVIRA KROŠEL |
| LUCIJA KOTNIK | |
| ALEŠ LESJAK |
